《圣女之歌2》拥有《圣女之歌》80%的完整剧情，与一代相互连接并进一步地完全挥洒开来，故事中描述女主角-艾妲重回未获神饶恕的人间，在自我与善恶真相的追寻中踏入一连串神、人、魔复杂交错的阴谋纠葛的过程，从斯坎蒂伐大陆的荒野冰原、到诡变堕落的欲望之城-亚萨城、再转战、深入魔鬼海域，揭开海上枭雄们不为人知的世界、最后甚至要和人类最难以抗拒的神秘力量对阵决战。